Ջուրը բոնսայի բույսերի կառավարման հիմնական խնդիրներից մեկն է: Ջուրը թվում է պարզ, բայց այն ճիշտ ջրելը հեշտ չէ: Ջուրը պետք է իրականացվի բույսի տեսակին, սեզոնային փոփոխություններին, աճի, ծաղկման, հանգստի շրջանին և բույսի եղանակային պայմաններին համապատասխան: Ջրի ժամանակի և քանակի տիրապետումը շատ կարևոր է բույսերի աճի համար: Որոշ բոնսայի բույսերի մահը ուղղակիորեն կապված է անպատշաճ ջրման հետ:

Բացի տնկված բույսերին ջուր և սննդանյութեր մատակարարելուց, տնկված հողը նաև ապահովում է բույսերի բնականոն օդային շնչառությունը: Երբ տնկված հողը բավարար խոնավություն ունի, հողի մասնիկները լայնանում են՝ սեղմելով մասնիկների միջև եղած ճեղքերում գտնվող օդը, ինչը հանգեցնում է տնկված հողում օդի պակասի. երբ տնկված հողը չոր է կամ համեմատաբար չոր, հողի մասնիկները կծկվում են, ծավալը փոքրանում է, և մասնիկների միջև կրկին ճեղքեր են առաջանում: Ճեղքերը լցվում են օդով:

Քանի որ հողը փոխվում է չորից խոնավ, ծաղկամանի հողի մեջ օդը նույնպես անընդհատ շրջանառվում է՝ թույլ տալով բույսի արմատներին նորմալ շնչել: Յուրաքանչյուր ջրվելուց հետո բույսի արմատները կարճ ժամանակահատվածում կկարողանան հանդուրժել ծաղկամանի հողում թթվածնի պակասը: Սակայն, եթե ծաղկամանի հողը երկար ժամանակ չափազանց խոնավ է, ինչը հանգեցնում է թթվածնի երկարատև պակասի, դա կառաջացնի արմատների էրոզիա և այլ հիվանդություններ: Եթե հողը երկար ժամանակ չոր է, չնայած ծաղկամանի հողում բավարար թթվածին կա, բույսերը երկար ժամանակ չեն կարող ջուր կլանել, ինչը նույնպես վնասակար է բույսերի աճի համար և նույնիսկ կարող է հանգեցնել դրանց մահվան: Հետևաբար, բոնսայի բույսերը ջրելիս պետք է հետևել «չոր վիճակում մի ջրեք դրանք, առատորեն ջրեք դրանք» սկզբունքին:

Բույսերի անբավարար ջրումը և չորացումը կհանգեցնեն ճյուղերի թառամմանը և թառամմանը, իսկ տերևները կթառամեն, կդեղնեն և կընկնեն: Փշատերև տեսակների դեպքում ասեղները կփափկեն և կկորցնեն իրենց ամուր և փշոտ զգացողությունը: Երբ ջրի պակասը խիստ է, ճյուղերի կեղևը կծկվում է ինչպես սագի բշտիկները: Եթե ամռանը բախվեք այս իրավիճակին, անմիջապես պետք է բույսը տեղափոխեք ստվերոտ տեղ: Ջերմաստիճանի անկումից հետո նախ ջուր ցողեք տերևների վրա, ապա մի փոքր ջուր լցրեք ամանի մեջ, իսկ մեկ ժամ անց լավ լցրեք ջուրը:

Խիստ ջրազրկված բույսերի դեպքում համոզվեք, որ միանգամից բավարար քանակությամբ ջուր չեք ջրում, քանի որ երբ բույսը խիստ ջրազրկված է, արմատային կեղևը կծկվում է և մոտ է քսիլեմին: Եթե հանկարծ մեծ քանակությամբ ջուր է մատակարարվում, արմատային համակարգը կընդլայնվի ջրի արագ կլանման պատճառով, ինչը կհանգեցնի կեղևի պատռմանը, ինչը կհանգեցնի բույսի մահվան, ուստի անհրաժեշտ է աստիճանական հարմարվողականության գործընթաց: Ջրի լուրջ պակաս ունեցող բույսերը վերը նշված մշակմանը ենթարկվելուց հետո լավագույնն է դրանք մի քանի օր պահել ստվերոտ ծածկի տակ, ապա մշակել արևի տակ, երբ դրանք ամրանան: Այնուամենայնիվ, չափից շատ մի ջրեք: Բացի բույսերի կտրուկ աճից, որը ազդում է ծառի ձևի և դեկորատիվ արժեքի վրա, չափազանց ջրելը կարող է նաև հեշտությամբ առաջացնել արմատների փտում և մահ: Փոքրիկ բոնսայի ամանները պահանջում են ավելի քիչ հող, ուստի հատկապես կարևոր է դրանք ջրել ճիշտ ժամանակին և ճիշտ քանակությամբ: